东南大学物理实验中心属校、系两级管理，实行中心主任负责制。物理实验中心主任统筹调配教学资源，保证优质资源共享和高效利用率。物理实验中心与物理系的学科建设紧密结合。同时也依托电子工程系、生物医学工程系的学科力量，在光信息与低维纳米功能材料等方面有着强大的学科支撑。

        实验中心下设基础教学组、课题与专题组、文科与医用物理组、演示组、光信息和中级物理组，另外有仪器开发与管理组、网络开发与管理组、教学督导与质量监督组。